Σε 90 μέρες το αργότερο θα ολοκληρώνεται η διαδικασία επιστροφής ΦΠΑ για αγρότες του ειδικού καθεστώτος, προβλέπει σχετική εγκύκλιος του της ΓΓΔΕ. Ειδικότερα, εκδόθηκε η ΠΟΛ. 1089/2015 από την ΓΓΔΕ με την οποία τροποποιείται η ΠΟΛ.1066/2013 εγκύκλιος για την επιστροφή ΦΠΑ στους αγρότες του ειδικού καθεστώτος.
Συγκεκριμένα στο άρθρο 5 της ΠΟΛ.1066/2013 που αφορά τις ενέργειες των Δ.Ο.Υ. για την παραλαβή και τον έλεγχο των αιτήσεων επιστροφής και διαδικασία καταβολής του επιστρεφόμενου ποσού Φ.Π.Α. αντικαθίστανται οι παραγρ .1,4,5,6 και 7 και προστίθεται νέα παράγραφος 8.
Με τη νέα εγκύκλιο ορίζεται ότι σε περίπτωση που κατά τη σύγκριση των ακαθάριστων εσόδων της αίτησης με την κανονική αξία του ΥΠΑΑΤ προκύπτει διαφορά φόρου προς επιστροφή μέχρι 100 ευρώ, τότε γίνεται η επιστροφή χωρίς περαιτέρω έλεγχο, εντός μηνός από την υποβολή της αίτησης.
Ορίζεται επίσης ότι σε κάθε περίπτωση που ο Προϊστάμενος της αρμόδιας Δ.Ο.Υ. διαπιστώνει από στοιχεία ή βάσιμες πληροφορίες (π.χ. δελτία πληροφοριών, εκθέσεις ελέγχου κ.λπ.) που περιέχονται σε γνώση του ότι ο αιτών αγρότης ενήργησε ως λήπτης εικονικού ή πλαστού φορολογικού στοιχείου ή στοιχείου που νόθευσε αυτός ή άλλος για λογαριασμό του, η αίτηση διαβιβάζεται οπωσδήποτε στη ΔΟΥ που διαθέτει τμήμα ελέγχου προκειμένου να διενεργηθεί μερικός φορολογικός έλεγχος που θα αφορά το σύνολο των φορολογικών στοιχείων της αίτησης και η επιστροφή του υπόλοιπου ποσού που δεν αντιστοιχεί σε τέτοιου είδους παραστατικά δεν πραγματοποιείται.
Η ολοκλήρωση της διαδικασίας επιστροφής πραγματοποιείται εντός προθεσμίας ενενήντα (90) ημερών από την υποβολή της αίτησης επιστροφής.
Η Δ.Ο.Υ υποχρεούται πριν την κατάθεση με εντολή μεταφοράς του υπόλοιπου ποσού για κάθε ΑΦΕΚ στον Ειδικό λογαριασμό που θα χρησιμοποιηθεί αποκλειστικά για την απόδοση των ποσών επιστροφής ΦΠΑ σε αγρότες, να ζητά από την συνεταιριστική οργάνωση να προσκομίσει βεβαίωση από την τράπεζα που έχει ανοιχθεί ο εν λόγω λογαριασμός στην οποία θα βεβαιώνεται:
α) ο αριθμός του λογαριασμού,
β) ο δικαιούχος του λογαριασμού
γ) για ποιο σκοπό θα χρησιμοποιηθεί ο λογαριασμός αυτός.